BIO127 Anvendt Bioinformatikk

Emneplan for studieåret 2020/2021

Innhold og oppbygning

Bioingeniørfaget har i det siste tiåret i økende grad tatt i bruk bioinformatikk som verktøy i medisinske laboratorieanalyser. Emnet skal gi en grunnleggende innføring i databehandling og dataanalyser med hovedvekt på bioinformatiske verktøy. Muligheter og begrensninger innen fagfeltet berøres.

Innhold

  • Filtrering av data
  • Litteratursøk
  • Databaser
  • Analyse av nukleinsyre- og proteinsekvenser
  • Analyse av genekspresjonsmønstre
  • Parvise og multiple sekvenssammenstillinger
  • Proteinkarakterisering / analyser
  • Biobanker

Læringsutbytte

Etter fullført emne BIO127 Anvendt Bioinformatikk skal studenten kunne:

Kunnskap

  • Beskrive sentrale bioinformatiske verktøy og databaser
  • Forklare grunnleggende prinsipper for utvalgte bioinformatiske analysemetoder

Ferdigheter

  • Utføre grunnleggende bioinformatiske analyser
  • Tilegne seg ny kunnskap og oppdatere seg om bioinformatiske verktøy
  • Evne til kritisk tenkning og refleksjon rundt de muligheter og begrensninger som ligger i fagfeltet

Generell kompetanse

  • Planlegge og gjennomføre dataanalyser på et datamateriale ut fra en gitt problemstilling

Krav til forkunnskaper

Ingen

Anbefalte forkunnskaper

BIO123 Statistikk

Undervisnings- og læringsformer

Forelesninger.

Dataøvelser.

Proteinseminar.

Alle studenter må ha egen bærbar datamaskin.

Faget har sterkt innslag av datastøttet læring. 

Obligatorisk læringsaktivitet

Fire obligatoriske dataøvelser. Alle dataøvelsene må være gjennomført til fastsatte frister og være godkjent før eksamen kan avlegges.

Dataøvelse 1-3 leveres inn elektronisk for godkjenning. Den fjerde Dataøvelsen utføres på et obligatorisk todagers Proteinseminar og skal ikke leveres inn. Tilstedeværelse og gjennomføring av Proteinseminaret oppfyller kravet til godkjent Dataøvelse 4. Dataøvelse 1-3 kan totalt leveres inn to ganger for godkjenning.

De fire godkjente dataøvelsene er gyldige seks påfølgende semestre.

Vurderingsform

Skriftlig digital hjemmeeksamen, 4 timer.

Eksamen vil bli avholdt på det digitale eksamenssystemet Wiseflow. Studentene må bruke egen PC/MAC. Programvaren som er nødvendig for å gjennomføre eksamenen må være installert og testet før eksamensdagen.

Karakterskala: Bestått/Ikke bestått

Hjelpemidler ved eksamen

Datamaskin med tilgang til internett.

Det er tillatt å benytte seg av forelesningsnotater og læreboken.

Mer om hjelpemidler