BIO200 Informasjonsteknologi og bioinformatikk

Innhold og oppbygning

Emnet gir studentene grunnleggende kunnskaper om IKT, oppbygging og organisering av IKT-systemer og IKT relaterte arbeidsprosesser i helsesektoren.

Studentene skal få økt forståelse for hvilken funksjon IKT har innen medisinske laboratorier og laboratorieanalyser og helsevesenet som helhet. En slik kompetanse vil bidra til bedre samhandling og kommunikasjon med andre aktører som bidrar til utvikling, organisering og drift av informasjonsteknologi; både databaser, servere, ulike programvarer og styringssystemer for instrumentering.

Bioinformatikk og bioinformatiske analyser spiller i stadig økende grad en sentral rolle innen medisinske laboratorieanalyser. Hensikten med emnet er å gi studenten en grunnleggende innføring i biologiske databaser, databehandling og analyser der bioinformatiske verktøy anvendes. Lovverk, muligheter og begrensninger innen fagfeltet berøres også.

Innhold

IKT

• Hva er informasjons- og kommunikasjonsteknologi (IKT) og hvilken funksjon har IKT innenfor medisinske laboratorier og helsevesenet som helhet

• Grunnleggende faguttrykk innenfor IKT og standardisering av begrepsbruk

• Lover og regler om informasjonssikkerhet, datasikkerhet, pasientsikkerhet og personvern • Sammenhenger og organisering av IKT innenfor helsesektoren

• Elektronisk pasientjournal

• Laboratorieinformasjonssystemer (LIS), mellomvareløsninger og styringssystemer for analyseinstrumenter

• kunstig intelligens (AI) og mønstergjenkjenning omtales

 

Anvendt bioinformatikk

• Hva er databaser og hvordan strukturere og organisere informasjon i en database

• Biologiske Databaser

• Biobanker

• Analyse av nukleinsyre- og proteinsekvenser

• Parvise og multiple sekvenssammenstillinger (BLAST)

• Proteinkarakterisering

• Evolusjon og fylogeni

• Eksempler på bioinformatiske analysemetoder anvendt i rutinediagnostikken / medisinske laboratorier

• Persontilpasset medisin

Læringsutbytte

Etter gjennomført emne har studenten følgende læringsutbytte definert i kunnskap, ferdigheter og generell kompetanse:

Kunnskaper

Studenten

• Kan gjøre rede for den overordnede, grunnleggende oppbyggingen og organiseringen av IKT ved medisinske laboratorier og innen helsevesenet som helhet

• Har kjennskap til informasjonsteknologi, herunder laboratorieinformasjonssystemer (LIS), mellomvareløsninger og styringssystemer for analyseinstrumenter

• Har kjennskap til lover og regler (og systemer) som sikrer pasientsikkerhet

• Kan beskrive sentrale bioinformatiske verktøy og databaser, samt forklare grunnleggende prinsipper og anvendelse av utvalgte bioinformatiske analysemetoder

• Kan gjøre rede for anvendelse av bioinformatikk innen persontilpasset medisin

• Kjenner til lover og regler som regulerer opprettelse, godkjenning og bruk av databaser innen fagområdet medisin og helse

Ferdigheter

• Kan beherske grunnleggende begreper innen IKT

• Har digital kompetanse og kan anvende IKT-systemer i henhold til lover og regler om datasikkerhet og personvern

• Kan utføre grunnleggende bioinformatiske analyser

• Kan tilegne seg ny kunnskap og oppdatere seg om bioinformatiske verktøy

• Har evne til kritisk tenkning og refleksjon rundt de muligheter og begrensninger som ligger i fagfeltet bioinformatikk

Generell kompetanse

• Kan dokumentere og formidle sin IKT- kunnskap innen fagfeltet

• Kan utveksle synspunkter og erfaringer samt evner å oppdatere sin kunnskap gjennom informasjonsinnhenting, kontakt med fagmiljøet og yrkesfeltet

• Kan kommunisere med andre aktører i helsevesenet om IKT-relaterte temaer

• Kan planlegge og gjennomføre bioinformatiske analyser på et datamateriale ut fra en gitt problemstilling

• Kan forholde seg kritisk til fagstoff fra ulike databaser og nettsider, samt henvise til disse som kilder.

Krav til forkunnskaper

Tilsvarende krav til opptak i andre studieår som definert i studieplan for bioingeniørutdanningen.

Anbefalte forkunnskaper

BIO174

Undervisnings- og læringsformer

Forelesninger, oppgaveløsning, prosjektarbeid, dataøvelser.

Obligatorisk læringsaktivitet

IKT En prosjektoppgave med muntlig posterpresentasjon.  

Anvendt bioinformatikk Fire obligatoriske dataøvelser. Alle dataøvelsene må være gjennomført til fastsatte frister og være godkjent før eksamen kan avlegges. Dataøvelse 1-3 leveres inn elektronisk for godkjenning. Den fjerde dataøvelsen utføres på et obligatorisk todagers Proteinseminar og skal ikke leveres inn. Tilstedeværelse og gjennomføring av Proteinseminaret oppfyller kravet til godkjent Dataøvelse 4. Dataøvelse 1-3 kan totalt leveres inn to ganger for godkjenning.

Godkjente obligatoriske arbeidskrav er gyldige seks påfølgende semestre.

Vurderingsform

Skriftlig hjemmeeksamen, 5 timer.

Eksamen vil bli avholdt digitalt på Wiseflow.

Tid og sted for eksamen blir opplyst på Studentweb.

Studentene må bruke egen PC/MAC. Programvaren som er nødvendig for å gjennomføre eksamen må være installert og testet i forkant.

Karakterskala A-F, der F tilsvarer ikke bestått.

Hjelpemidler ved eksamen

Datamaskin med tilgang til internett. Det er tillatt å benytte seg av forelesningsnotater og lærebøker.

Mer om hjelpemidler